Вважається що вапняк існує вже понад три мільярди років, з докембрійської епохи. Дрібноводні моря створили ідеальні умови для появи карбонату кальцію, який виник під водою як результат скупчення біологічних відкладень.
Як правило, походження вапняку пов'язано з життєдіяльністю організмів, які виділяють із солоної води карбонат кальцію для формування скелетів та раковин. Рідше матеріал має хемогенне походження. Осідання породи триває мільйони років (сучасні пласти залишилися після висихання стародавніх морів).
Можливо, давні мешканці Землі обкладали вапняком вогнища, вогонь нагрівав каміння і так з'явилася перша обпалена вапно. Дощ погасив вапно і перетворив її на гідроксид кальцію, який, вступивши в реакцію з золою і піском, що залишилася в осередку, перетворився на перший будівельний розчин.