Наступний етап розвитку називається гаструляцією. Клітини бластули продовжують ділитися, розподіляючись при цьому по трьох шарах, з яких надалі утворюються всі тканини та органи; ці шари, або зародкові листкиносять назви ектодерми, ентодерми та мезодерми. Гаструляція завершується освітою гаструли.
Гаструляція є інтегрованим процес міграції клітин, що призводить до різкого перерозподілу вмісту бластули. В результаті утворюються зародкові листки: ектодерма, ентодерма та мезодерма. Зародок, розчленований на зародкові листки називається гаструлою.
Усього зародкових листків три: ектодерма (зовнішній), ентодерма (внутрішній) та мезодерма (середній). З ектодерми утворюється шкірний покрив (епідерміс) та нервова система. З ентодерми утворюється кишечник – точніше, травний тракт – і органи, що розвиваються як його вирости, наприклад, печінка.