Лікарський засіб застосовується у вигляді зрошень, полоскань та аплікацій – 5-10 мл розчину наносять на уражену поверхню шкіри або слизових оболонок з експозицією 1-3 хв 2-3 рази на добу (на тампоні або шляхом зрошення).
Постійне використання антисептика може стати причиною резистентності мікрофлори. За останніми дослідженнями хлоргексидин спричиняє стійкість до антибіотиків, коли вони справді знадобляться.
Після процедури не слід спорожняти сечовий міхур протягом 2 годин. Комплексне лікування уретритів та уретропростатитів проводити шляхом впорскування в уретру 2-3 мл розчину хлоргексидину диглюконату 1-2 рази на добу, курс лікування – 10 днів. Процедури призначати через день.
Полоскати горло Хлоргексидином можна 1-2 рази на день. Після процедури полоскання не можна вживати їжу і пити будь-які напої протягом 1,5-2 годин. Цей препарат не можна використовувати дітям молодше 12 років. Вагітним і жінкам, які годують груддю, Хлоргексидин може призначати тільки лікар, якщо така необхідність є.